De vijfde nota van wijziging op het Belastingplan 2004 bevat twee onderdelen. Het oorspronkelijke wetsontwerp bevatte het voorstel om de klassieke plantenveredeling niet langer in aanmerking te laten komen voor de afdrachtvermindering voor speur- en ontwikkelingswerk. In de vijfde nota van wijziging wordt dit ongedaan gemaakt. In verband hiermee is voorgesteld om de eerste schijf voor de afdrachtvermindering te verkorten van € 120.000 naar € 110.000. Daarmee wordt bereikt, dat de operatie budgettair neutraal verloopt.Daarnaast is in de vijfde nota van wijziging een verduidelijking van de maatregelen inzake thin capitalisation opgenomen voor gevallen waarin het fiscale vermogen van een lichaam bestaat uit vermogensbestanddelen van verschillende entiteiten. Daarvan is sprake bij een fiscale eenheid Vpb of als een B.V. participeert in een fiscaal transparant lichaam zoals een v.o.f. of een besloten C.V. Voor de concerntoets moeten dan de vermogensbestanddelen van de gevoegde dochter of de transparante participatie afzonderlijk op de geconsolideerde balans worden verantwoord.