Tegelijk met het opleggen van een naheffingsaanslag grondwaterbelasting over de jaren 1999 tot en met 2004 legde de belastingdienst een vergrijpboete van 50% van de nageheven belasting op. De naheffingsaanslag en de boete werden opgelegd in 2005. De belastingplichtige bestreed de opgelegde boete. Het opleggen van een vergrijpboete wordt gelijkgesteld met het instellen van strafvervolging in de zin van het Europees Verdrag tot bescherming van de Rechten van de Mens (EVRM). Het verstrijken van de termijn waarbinnen een vergrijpboete kan worden opgelegd moet daarom gelijk worden gesteld aan het vervallen van het recht tot strafvordering door verjaring als bedoeld in het Wetboek van Strafrecht. De bevoegdheid om een vergrijpboete op te leggen wegens het niet (tijdig) betalen van belasting op aangifte vervalt vijf jaren na het einde van het kalenderjaar waarin de belastingschuld is ontstaan. Met betrekking tot de grondwaterbelasting over 1999 verviel de mogelijkheid om een boete op te leggen op 31 december 2004. De boete die op dat deel van de naheffingsaanslag betrekking had was te laat opgelegd, ook al had de belastingplichtige afstand gedaan van het recht om zich te beroepen op het verstrijken van de wettelijke termijn. Volgens de rechtbank kan de belastingdienst aan een dergelijke verklaring niet de bevoegdheid ontlenen om in strijd met de wet strafvervolging in te stellen. Voor wat betreft de andere jaren achtte de rechtbank bewezen dat het niet betalen van de grondwaterbelasting te wijten was aan opzet van de belastingplichtige. Ondanks de aanwezige kennis op het gebied van de grondwaterbelasting stelde de belastingplichtige zich op het standpunt dat hij geen grondwaterbelasting verschuldigd was voor het onttrekken van grondwater. Wel vond de rechtbank dat de opgelegde boete niet in verhouding stond tot de ernst van het beboetbare feit. De rechtbank verminderde de boete tot een bedrag van € 130.000. Vervolgens kwam het tot een verdere vermindering van de boete met 10% omdat de berechting niet binnen de als redelijk geldende termijn van twee jaar was afgerond.