Naast de normale regels van de winstbepaling voor ondernemingen zijn er bijzondere regimes. Voor rederijen is op verzoek de tonnageregeling van toepassing op de winst uit zeescheepvaart. Die regeling houdt in dat de winst wordt bepaald op basis van het tonnage van de schepen waarmee die winst wordt behaald, zonder rekening te houden met de werkelijke opbrengsten of de werkelijke kosten en lasten. De tonnageregeling geldt niet voor andere opbrengsten van de onderneming: deze worden volgens de normale regels bepaald. Wanneer zowel het normale regime als een bijzonder regime van toepassing is, moeten kosten die niet rechtstreeks betrekking hebben op een van de winstbestanddelen aan alle winstbestanddelen worden toegerekend volgens een redelijke grondslag. Dat kan zijn een toerekening naar rato van het geïnvesteerde vermogen. In geval van een fiscale eenheid mag de toerekening van kosten niet beperkt blijven tot de indirecte kosten van de moedermaatschappij, ook niet wanneer de indirecte kosten van de dochtermaatschappijen alleen betrekking hebben op het tonnageregime. In een voorkomend geval leidde deze toerekening tot het volgende resultaat. Het voor de winst uit zeescheepvaart gebruikte vermogen bedroeg € 363.045. De normaal belaste winst werd behaald met een geïnvesteerd vermogen van € 99.319. De niet rechtstreeks toe te rekenen kosten bedroegen € 7.819. Van deze kosten kwam in aanmerking voor aftrek 99.319/462.364 * € 7.819 = € 1.680. Het restant werd toegedeeld aan de tonnageregeling en was dus niet aftrekbaar.