Met ingang van 1 januari 2003 is de wet op het BTW-compensatiefonds van kracht. Die wet geeft aan overheden het recht op compensatie voor de aan de overheden in verband met hun overheidsprestaties in rekening gebrachte BTW. Door overheden opgerichte samenwerkingsverbanden, die een overheidstaak uitoefenen, kunnen geen beroep doen op het BTW-compensatiefonds. Wanneer dat samenwerkingsverband geen ondernemer is voor de omzetbelasting of vrijgestelde prestaties verricht komen de samenwerkende overheden daardoor in een nadeliger positie dan wanneer zij de taak zelf zouden uitvoeren. Om die reden wordt goedgekeurd, dat samenwerkingsverbanden met behulp van de transparantiemethode de in rekening gebrachte omzetbelasting toerekenen aan de deelnemers in het samenwerkingsverband. Toerekening mag plaatsvinden naar rato van de financiële bijdrage van de deelnemers aan het samenwerkingsverband, tenzij een verdeling op basis van het werkelijke gebruik van de activiteiten meer dan 10% afwijkt van de verdeling op basis van de financiële bijdragen. Doorschuiving van belasting vindt plaats per kwartaal of per jaar. De keuze voor de doorschuiving van belasting moet aan de belastingdienst worden meegedeeld voor de eerste doorschuiving heeft plaatsgevonden en uiterlijk per 31 december van het oprichtingsjaar van een samenwerkingsverband. Voor bestaande samenwerkingsverbanden moet de mededeling uiterlijk 31 december 2003 zijn gedaan.