Voor de eigen woning, die als hoofdverblijf dient, geldt een bijzondere fiscale regeling. Anders dan andere vermogensbestanddelen vallen de eigen woning en de daarop rustende (hypotheek)schuld niet in box 3 maar in box 1. Tweede woningen vallen wel in box 3. Om te voorkomen dat bij overgang van de ene naar de andere eigen woning een deel van de betaalde hypotheekrente niet aftrekbaar is, geldt de eigen woningregeling ook voor een woning die na verhuizing te koop staat en voor een woning die is aangekocht om als hoofdverblijf te dienen. In dat laatste geval moet wel aannemelijk zijn dat de woning binnen twee jaar na afloop van het jaar waarin de aftrek van rente wordt geclaimd als hoofdverblijf dient. Slaagt de belanghebbende er niet in dat aannemelijk te maken, dan vallen de woning en de schuld in box 3, met als gevolg dat de betaalde rente niet aftrekbaar is.