De staatssecretaris van Financiën heeft de derde nota van wijziging op het Belastingplan 2006 ingediend. Deze nota bevat een vereenvoudiging van de afdrachtvermindering Speur- en Ontwikkelingswerk. De eindafrekenaangifte vervalt. Het in de S&O-verklaring opgenomen bedrag van de S&O-afdrachtvermindering is in beginsel definitief. Voor de berekening van de afdrachtvermindering wordt het gemiddelde uurloon voor S&O gehanteerd in plaats van het werkelijk genoten loon. Wanneer de uiteindelijke omvang van het speur- en ontwikkelingswerk minder dan 90 % van de omvang volgens de aanvraag bedraagt, moet dit worden gemeld aan SenterNovem. Er volgt dan een correctie-S&O-verklaring. De maximale periode waarvoor een S&O-verklaring kan worden aangevraagd bedraagt zes maanden. In plaats van twee zijn er maximaal drie aanvraagmomenten per jaar. De aanvraag hoeft niet meer op een vast tijdstip gedaan te worden. Inhoudingsplichtigen die in het voorafgaande jaar ook een S&O-verklaring hebben verkregen en die beschikken over een eigen onderzoek- of ontwikkelafdeling kunnen wel voor een heel kalenderjaar een S&O-verklaring vragen. De belastingdienst controleert of de afdrachtvermindering in overeenstemming is met de S&O-verklaring. Voor toepassing van de aftrek S&O in de Wet IB 2001 geldt een mededelingsplicht wanneer in het kalenderjaar minder dan de vereiste 500 uur aan S&O-werkzaamheden is besteed. Verder wordt voorgesteld de tonnageregeling uit te breiden met de winst die behaald wordt met bepaalde vervoersactiviteiten van baggerschepen. Het begrip ‘zee’ wordt aangepast, evenals enkele bepalingen van het overgangsrecht naar aanleiding van herziene richtsnoeren. Ter uitvoering van de motie Halsema/Verhagen wordt de buitengewone uitgavenaftrek aangepast door verhoging van de vermenigvuldigingsfactor en aanpassing van de drempels.Tenslotte wordt voorgesteld om het percentage van de heffings- en invorderingsrente aan te passen.