Voor de heffing van omzetbelasting heeft een ondernemer-natuurlijk persoon volgens arresten van het Hof van Justitie van de EG de mogelijkheid om investeringsgoederen tot zijn bedrijfsvermogen te rekenen of geheel in zijn privé-vermogen op te nemen. Ook is het mogelijk een goed gedeeltelijk tot het bedrijfsvermogen te rekenen. Een gemaakte keuze geldt ook voor later in dat goed op te nemen bestanddelen. De staatssecretaris van Financien is van mening, dat de keuzevrijheid van de ondernemer niet onbeperkt is. Als het niet voor bedrijfsdoeleinden wordt gebruikt is geen sprake van een bedrijfsmiddel en kan het niet tot het bedrijfsvermogen worden gerekend. Een binnen de onderneming vervaardigd goed, waarop de integratieheffing van toepassing is, kan niet tot het privé-vermogen worden gerekend. Ook als de ondernemer het bedrijfsmiddel geheel tot zijn bedrijfsvermogen rekent is het recht op aftrek van in rekening gebrachte omzetbelasting beperkt tot het gedeelte, dat betrekking heeft op het gebruik binnen de onderneming. Een latere levering van het bedrijfsmiddel is geheel belast, tenzij sprake is van een vrijgestelde levering. Bij een overgang naar het privé-vermogen van de ondernemer vindt heffing van omzetbelasting plaats overeenkomstig de eerdere aftrek van voorbelasting.Een gedeeltelijke toerekening aan het bedrijfsvermogen van de ondernemer moet gebeuren aan de hand van de verdeling tussen zakelijk en privé-gebruik van het bedrijfsmiddel in het jaar van aanschaf. De aftrek van voorbelasting geschiedt overeenkomstig de gekozen verdeling over bedrijfs- en privé-vermogen. Die verdeling geldt ook voor later aangebrachte onderdelen van het bedrijfsmiddel, tenzij het privé-gebruik inmiddels met meer dan 10% is toegenomen. Bij een latere levering dient alleen over het bedrijfsgedeelte omzetbelasting te worden berekend, tenzij er sprake is van een vrijgestelde levering. De keuze voor privé-vermogen heeft tot gevolg, dat het bedrijfsmiddel buiten de heffing van omzetbelasting blijft en er geen recht op aftrek van voorbelasting is. De omzetbelasting die in rekening wordt gebracht voor het gebruik of het onderhoud van een bedrijfsmiddel is, los van de keuze, die de ondernemer bij de investering heeft gedaan, aftrekbaar voor zover het goed voor bedrijfsdoeleinden wordt gebruikt. Voor auto’s geldt een bijzondere regeling. In de uitvoeringsbeschikking is een regeling opgenomen voor de aftrek van voorbelasting die verband houdt met een auto die door een ondernemer zowel zakelijk als privé wordt gebruikt. Volgens de staatssecretaris kan een auto, die met berekening van omzetbelasting is aangeschaft, alleen maar in zijn geheel tot bedrijfsvermogen of tot het privé-vermogen worden gerekend. De bijzondere aftrekregeling geldt alleen als de auto tot het bedrijfsvermogen is gerekend. Als de auto tot het privé-vermogen is gerekend is er geen recht op aftrek van voorbelasting op de aanschaf, maar wel op het gebruik en het onderhoud voor zover dit in het kader van de onderneming gebeurt.Als een auto zonder omzetbelasting is aangeschaft (margeauto) geldt de bijzondere aftrekregeling niet, ongeacht de keuze voor bedrijfs- of privé-vermogen. Aftrek van voorbelasting op de kosten van gebruik en onderhoud vindt plaats naar rato van het zakelijke gebruik. Als verdeling mag worden uitgegaan van 75% zakelijk en 25% privé-gebruik. Als in het verleden voor een dergelijke auto de correctie voor privé-gebruik is aangegeven op basis van de bijzondere regeling (12% van de bijtelling in de inkomstenbelasting) wordt daarop niet teruggekomen.