Er geldt een vrijstelling van accijns voor alcoholhoudende producten die worden gebruikt voor de vervaardiging van geneesmiddelen. Deze vrijstelling is gebaseerd op EG-richtlijnen. In verband met het verschijnen van nieuwe richtlijnen is de Wet op de Accijns met ingang van 1 juli 2006 aangepast. Het beleid van het ministerie van Financiën, dat is vastgelegd in de Leidraad Accijns 1997 is nu geactualiseerd. Voorwaarde voor de vrijstelling van accijns is registratie van de geneesmiddelen volgens de Wet op de Geneesmiddelenvoorziening. Sommige geregistreerde (homeopathische) geneesmiddelen gelden voor de accijnswetgeving als alcoholhoudende producten. De staatssecretaris keurt goed dat dergelijke in Nederland geregistreerde geneesmiddelen met vrijstelling van accijns kunnen worden uitgeslagen of ingevoerd.