De staatssecretaris van Financiën heeft in een besluit vastgelegd, dat de afdrachtvermindering zeevaart ook kan worden toegepast tijdens een kortstondige arbeidsonderbreking. Onder kortstondige arbeidsonderbreking wordt zowel ziekte als zwangerschap verstaan. Hof Den Haag heeft in een uitspraak uit 2002 uitgesproken dat de afdrachtvermindering zeevaart bij ziekte kan worden toegepast zolang er sprake is van een loondoorbetalingsverplichting. De staatssecretaris heeft het in een besluit uit 2000 opgenomen andersluidende standpunt verlaten.